经过半年多的考古发掘，南京市博物馆考古工作者在南京内秦淮河边的颜料坊地块发现了东吴木简、六朝至宋代的驳岸码头，以及农具、兵器和釉上彩瓷器等各类文物1000多件，尤其是驳岸码头的发现，为秦淮河的变迁提供了实物证据。近日南京市召开的一次专家会上透露，这一地块即将兴建“面向长三角精英成功人士”的豪宅，仅地块出让价就高达11亿。那么这处遗址究竟要不要保护，该如何保护，成为各方专家辩论的焦点。
颜料坊地块之所以敏感，是因为包括其在内的南京老城南拆迁涉及破坏历史街区，2006年来两度引发专家学者集体上书，温总理作出重要批示。采访中，各位专家均出言谨慎，然而在保护的手段和范围上观点却泾渭分明。
一种观点认为，颜料坊不该建高档住宅。南京号称六朝古都，，目前城外有辟邪等六朝石刻，城内可见的六朝遗迹只有两三处。考古证明，内秦淮河从六朝的130多米宽缩至现在20米，现在唯一能展示这条“南京母亲河”变迁的，只有颜料坊一处遗址。考古证实这里的文化地层深达9米，随着河道变窄，古人在退出的河道上建房，因此留下了六朝以来的房址、街巷等遗迹，是历代市民生活的“化石”。而按目前的设计方案，建住宅将挖空地下作通道和停车场，那么，地下文物和历史信息将很难保全，文物具有不可再生性，破坏了就再难挽回。
而持另一种观点的专家则认为，颜料坊地块已由正常程序拍卖出让，开发商本身并无违法之处，目前拆迁、规划、项目设计等程序都已完成，接下来的投资建设也已启动，数亿元资金已经投下去，此时“刹车”，损失谁来负责？而且已很难找到相同品质的地块与开发商进行置换。即使保护下来，由于地下文物零散，市民到现场除了泥土和墙砖也看不到什么，这样的保护价值和意义并不大。而颜料坊地块处于南京市的黄金商圈，至纯天珠，寸土寸金，从城市经济发展的角度来说，颜料坊地块空置也是一种浪费，贵州文玩，决策者也需在保护与发展之间寻找一个平衡。
南京内秦淮河两岸被列为南京市七大重点文物埋藏区之一。据史料记载，颜料坊处于六朝时最繁华地段，秦淮河上24桁(浮桥)中的竹格桁就在这一带，周边还有禅灵寺和禅灵渚渡，是梁朝大将王僧辩平定侯景之乱挺进秦淮河的突破口，也是成语“江郎才尽”中江淹梦中得神笔的地方，此次在颜料坊地块还发现了六朝时期和宋代的3个码头驳岸。有专家综合以上两种不同意见提出了第三种折中方案，即在小区建设过程中避开码头等重要遗迹，结合小区的绿地和小广场，将一部分遗址给予保留和展示，使文化遗址变成居民生活的一部分。