为配合伊犁州水利枢纽工程建设，在自治区文物局的协调和伊犁州、特克斯、昭苏县文物局的大力支持下，新疆文物考古研究所于2011年5—7月，先后对特克斯库什塔依水利枢纽、昭苏斯木塔斯水电站淹没区涉及的古墓葬进行了抢救性清理发掘。
对特克斯库什塔依水利枢纽淹没区的发掘是在2010年两次共发掘90座墓葬的基础上进行的第三次抢救性发掘。本次共清理墓葬76座，遗址100平方米。根据墓葬结构可分为地面石棺墓、偏室墓、竖穴土坑墓、竖穴石棺墓和竖穴石室墓等多种类型，其中地面石棺墓是此次新出现的墓葬形制。出土随葬品有陶器、铜器、铁器、骨角器、玛瑙珠、石器等少量遗物。
昭苏斯木塔斯水电站淹没区的发掘共清理墓葬200余座。根据墓葬结构可分为竖穴土坑墓、竖穴偏室墓、地面石棺墓、地面石堆墓、石围墓等五种形制，贵州文玩，以竖穴土坑墓和竖穴偏室墓居多，其中地面石棺墓（与特克斯库什塔依发现一致）与方形石围家族墓在伊犁河谷属首次发现。葬式以二次葬为主，文玩，有少量单人仰身直肢葬。出土陶、铜、铁、石、骨、金等器物50余件，其中陶器以陶罐为主，铁器以马具与兵器为主，石器以珠饰为主，文玩，另出土有珊瑚项链等。