宝船厂遗址南北长225米、东西长605米，总面积近14万平方米。此地周围分布有较多的水道和水塘。东面原有一条下新河（又称清江河），后被填埋，变成今天的漓江路。西侧紧邻长江的夹江，北面为秦淮河。

遗址内现存三处长条形的古代船坞遗迹，称为“作塘”。分别编号为四作塘、五作塘和六作塘的这三条作塘，皆呈东北——西南走向，由北向南依次平行排列。

2003年7月至2004年8月，，南京市博物馆对六作塘进行了考古发掘。根据发掘实测，六作塘的横截面呈倒梯形，长421米，上口宽44米，下底宽12—15米，作塘底部发现有34处造船“基础”遗迹，每处“基础”都密集地打下直径8—12厘米的木桩（或称地钉），打入生土层约12米。每处“基础”打木桩一百多根。这种用密集的地钉构成的造船基础具有相当强的承重能力，成为在上面铺墩打造大型船舶的保证。专家们分析，船舶在此造好之后，将作塘灌满江水，凿开与长江（夹江）相邻的“坞门”，船舶即可驶进长江，继而入海远行。可惜目前还没有发现“坞门”的相关遗迹。

宝船厂遗址还出土有与造船有关的文物1000多件。包括2根长度分别为11米和10.1米的舵杆;一批铁制造船工具，如斧、锯、凿、锉、钻、锥、刀等;一批木制造船工具，如木槌、木桨、夯、刮刀等;各式铁钉，包括长钉、短钉、枣核钉、把钉等;大量的棕绳，直径从15厘米至11厘米不等。这里出土的高1.5米的4爪铁锚，上下各有一只铁环，其制式与明代以来流行的四爪铁锚一致。

还值得一提的是，考古专家们发现的数个当年施工中尚未用完的特制的油泥沱。当时的工匠以一份桐油和二份石灰相揉合，再加一份黄麻用以充填木板的缝隙，可以起到防水的作用。这种水密捻缝技术是中国古代造船技术体系中的一项重要发明，也是木船能够承受远洋航行考验的重要保障。

目前，船厂遗址成为“海上丝绸之路·南京遗迹”的核心项目。按照规划，遗址公园内将设置南京片区海上丝绸之路展示分中心，该展示中心将以“中国海上丝绸之路的官方贸易”为主题，重点展示中国古代造船技术成就、郑和下西洋相关内容及中国明代朝贡体系等，以凸显南京是14世纪末、15世纪初官方贸易鼎盛时期的对外交流策源地。

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