由于埋藏地域的土中所含物质不同，埋藏时间长短不同，所以使得玉器上的沁色也不尽相同，从而呈现出千变万化的颜色。清代的陈原心在《玉纪》中，对玉器的沁色进行了详细的分类，其中有这样一段记载：“诸色受沁之源难以深考，总名之曰十三彩”。一般来说，我国的北方土壤多呈碱性，玉器沁色多为黄色土沁，南方土壤湿润呈酸性，玉器上的沁色则多为白色水沁
古代不少好玉之士，对沁色的研究确有不少精辟之处，但也有相当多的以讹传讹的说法流传下来。现代人面对这些说法，企图通过认真的科学态度加以认识。但，一些想当然的所谓专家，不借助专科知识，总以一知半解的方法，给沁色做出武断的解释。比如“寿衣沁”便是一例。因此鉴定古玉，需要建立起一个科学、客观的理论与方法。我们呼唤在玉文化的系统研究成果的指导下，通过眼学的判断，通过科学鉴定手段的有效介入，将地质地矿学的知识和指纹痕迹学等引入鉴定中来。只有这一天的到来，才可以说立新时代古玉鉴定学之本的学科，才真正得以兴起。
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陕西省扶风县召陈村出土的西周双龙纹玉环
陕西省扶风县召陈村出土的西周双龙纹玉环上面有古玉书中形容的微发紫色的“寿衣沁”。古人认为是“寿衣”的色沁入玉里；而现代不少专家都认为，所谓“寿衣沁”是含有高锰酸钾的锰矿物沁入玉体使然。其实自然界的天然锰矿，只以二氧化锰的形式存在，俗称软锰矿。它要经过高温还原才能作为着色剂呈现紫色。古代没有高锰酸钾这种化合物，所以直接的锰矿物沁入玉体呈现紫色的说法是欠缺道理的。古人为什么要说是“寿衣沁”？大概与古人因地制宜把自然界中的二氧化锰矿粉作为织物印染着色剂还原后使用有关。这些印染后的衣物带有锰元素，入葬后与人体骨骼肌和肝脏内含有的大量锰元素一起作用，在尸体氧化腐败后，沁入玉体使然的。
再如“铜绿沁”，古今人都说是铜锈的沁入，其实不然。我们知道铜锈的产生是个电解氧化的过程，铜锈大致有三种状态，一是氧化铜，锈色为黑色至棕黑色，无定形结晶性粉末。一是氧化亚铜，锈色为红色粉末状固体。另一种是碱式碳酸铜，呈孔雀绿颜色，为细小颗粒的无定形结晶性粉末。古玉中绿沁的形成，如果和铜沁有关的话，也就是只有在碱式碳酸铜的电解条件下，才能出现绿色。
我们裸眼能看到的玉器土蚀沁斑，它是个比周围玉质泛黄的、受到一定土蚀后失透的块状沁斑。如果用偏光镜观察时，泛黄土蚀沁斑的四周，会有好玉质一样的折光现象。
图4是江苏徐州狮子山出土的玉剑。我们知道如果是人工沁斑，因为做伪沁都是采取化学的方法处理，沁斑的四周因强酸强碱的作用，必然使一些晶体结构产生破坏，留下空隙。空隙会改变光的折射效果，所以在偏光的折射下，人工沁斑是无法出现正常玉质的折光现象。认识了这个道理，我们对一些土蚀沁斑就有了理性的认识，而再不被以往的诸如“色黄如土”等等形而上的描述所困惑了。
一件老玉器不管怎么新，都有一定的老气存在。所谓老气沁色开门就是沁色有沁门、而且还有玉质光泽沉着不浮、沁染有讲究的意思。比如一件真品既有饭糁也有沁色的时候，一定是互不染杂。而人工染色沁，这两者则是不可能同时出现在一起的。
上图是南阳桐柏县月河M1出土的春秋晚期玉牌饰，局部黑漆古与饭糁共存。真品玉器有饭糁时，，一定是局部玉质内部结构发生了松散变化。如果是人工染色，那么染色首先容易发生在松散变化的局部玉质上。其实所谓饭糁就是玉器内部存在的杂质，产生了不完全性解理小裂纹。存在于小裂纹处的矿物颗粒薄膜状的液态水，经过长时期的风化脱水后，加剧了氧化程度，出现了白色颗粒状斑痕。真品在缓慢的自然沁色下，因一般晶体面原始状态下都是不太平整的，沁色沿着玉材内部固有的晶体间隙而产生。而解理小裂纹一旦形成，原来不太平整的晶体面，会因解理面的形成而光滑难以入沁。所以肉眼看沁似乎与饭糁白斑同处一处，其实并不在一个间隙的网面上。而人工染色因为没有那么多的加工时间来完成自然沁染过程，快速的强酸强碱破坏了晶体结构，使其晶体间隙所过强酸碱之处，均产生了晶体结构的破坏，导致间隙的毛细管通道错综交往，故伪沁是无法与真品在这个条件下一致的，这就是沁染有讲究的意思。现在许多人把饭糁白斑同玉质内部的玉花等同而语，这个是非常错误的。因为两者是非常容易分辨的。为什么会出现这样的看法，主要是一些所谓专家在写文章的时候，贴图误导所致！
我们的古玉鉴定常常借助的是眼学。面对那么多的古玉沁色和许多未知的玉文化领域，在没有更多的科技研究成果支持下，要判断一件玉器的真伪，确实是件不容易的事情。现在的作伪仿古技术，已经大大超越了个体的人脑智慧程度，一个作伪方法的出现，往往是依靠一个作伪群体的学识，或者借助公布出来的科技研究成果集合而成的。所以旧时的眼学如果没有一个与时俱进的升华过程，想对一些传世古玉进行有说服力的鉴定，怕是很难很难。
任何事情一旦出现偏执，就极容易产生负效应。比方看沁辨古玉，是个非常好的方法，可如果唯沁而论新老，而不究其肌理，就容易导致自己的研学误入歧途。因为入土后玉器的沁色多变，一件玉器在同样的埋藏条件下，断为两截，断合面的两侧，一段有沁而另一段却丝毫没有沁色。
上图是江苏北阴阳营出土的玉璜。这种情况在出土资料中常常能见到。如果对沁色浸染的肌理不加研究，对民间此类传世品做鉴定时，把一个判真，一个判假是有可能的。那么简而论之，它的阴阳沁色肌理在哪里？我们不妨从矿物晶体的构造学上找找答案.
这种现象和晶体解理的交角有关。原始状态下的晶体晶面一般不太平整，一经受外力产生解理后，这样的晶面就消失了，产生了所谓的具有光滑面的晶体解理。解理也就是晶体内部在连接力弱的地方，受外力作用(如敲打、挤压等)出现了断口。解理面呈完全性或不完全性的光滑平面，透闪石的断面，小角侧的聚合解理面，容易形成纤维丝状或错综细多片状。而大的一侧，则较易显示为平整的光滑面。